I Shadow Quest levede tre små hekse lykkeligt sammen, men efter et stykke tid kom et monster og ville tage deres magt. Hvis de nægtede at gøre det, tog monstret en af heksene med sig. Derfor gik den ene lille heks ud for at hente sin ven. Hovedformålet i dette spil er at gennemføre niveauet. Du bliver nødt til at finde døren for at gå til det næste niveau (som er indstillet i slutningen af niveauet). Under overgangen skal du møde mange forhindringer som pigge, automatisk kanon og andre væsener.